流式细胞仪的不同应用中存在各种不同的微球，大体上分为细胞绝对计数、仪器质控和检测微球。

一、流式细胞绝对计数微球
流式细胞绝对计数微球一般是直径为微米级别的荧光微球，利用荧光参比微球进行细胞绝对计数是目前临床及科研工作者广泛认可的流式细胞仪单平台绝对计数方法之一。原理如下：

A：观察得到的细胞数             B：荧光微球的绝对数量
C：观察得到的荧光微球数量       D：液体体积
细胞绝对计数应用
1、T淋巴细胞绝对计数
T淋巴细胞亚群与机体的免疫功能相关，当机体的免疫功能紊乱时，T淋巴细胞亚群在相对百分含量及绝对计数的数值检测上会出现异常。因此T淋巴细胞亚群的检测对监控疾病的发生发展，了解疾病的发生机制，指导临床治疗都有极其重要的意义。
2、CD34+造血干细胞绝对计数值
CD34+造血干细胞绝对计数主要应用于造血干细胞移植治疗方案，如血液系统肿瘤治疗中异基因造血干细胞移植（allo-HSCT）与自体造血干细胞移植（auto-HSCT）。
3、其他：如网织红细胞绝对计数、循环肿瘤细胞绝对计数等。

二、流式细胞仪质控微球
流式细胞仪仪器质控微球包括补偿微球、液滴延迟微球、校准微球、校直微球、流式尺寸校准微球等。
流式细胞仪仪器质控包括灵敏度的验证和荧光、荧光检测器和光电倍增管性能的验证。经常对仪器进行监测，随着时间推移仪器的连贯性才能得到保证，以确保数据的可靠性。流式细胞仪质控微球的理想产品所使用的染料应当具有至少一年热力学和光学稳定性。这些微球将测试并定义光学和鞘流的条件，进而确保仪器性能，以分析不同的细胞群。用于流式细胞仪校准的多色荧光微球中的染料具有类似的光学特征，但在光谱上又不等同于流式细胞的常规染料。因此，这些流式细胞仪校准微球不应用来对细胞上的荧光探针的绝对定量。

三、流式CBA检测微球
CBA（Cytometric Bead Array）：微量样本多指标流式蛋白定量技术，结合了流式细胞仪荧光检测和微球免疫分析的应用技术，能够同时对单个样品中的多个指标进行检测。
CBA检测原理类似于ELISA，对应待测体系中的每个检测指标都设有不同的捕获微球，捕获微球（具有不同的荧光强度）上包被有特异的捕获抗体，捕获微球与待测样品溶液混合后，微球上的特异性抗体与样品中的抗原/蛋白结合，最后加入荧光检测抗体，通过流式细胞仪进行检测，便可以对样品中的各个检测抗原/蛋白的含量进行分析。

CBA检测应用领域：
1. 肿瘤研究及肿瘤疾病的辅助诊断、疗效和预后监测
2. 干细胞研究和干细胞治疗监测
3. 免疫学研究和免疫疾病的辅助诊断和监控
4. 感染疾病的研究及辅助诊断和疗效评价
5. 免疫功能监测
6. 其他：如药效评价，药物研发、疫苗研究，细胞信号传导中磷酸化蛋白、凋亡相关蛋白定量分析

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